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Windowsの自動更新で適用されない重要な更新があります

まず、指定した時間に自動的に適用する設定になっているかを確認してください。
ダウンロードしただけでは更新は行われていません。
指定した時間に自動適用する設定になっている場合は、指定した時間にコンピュータを起動しておく必要があります。またサービスパックなど一部の「重要な更新」については自動更新を利用することはできません。この場合は利用者が操作してWindowsUpdateを実行してください。

なお、修正プログラムによっては自動更新での修正プログラム適用後に Windowsの再起動が必要になります。通常これは自動的に行われますが、使用中あるいはログオンしたままの状態では再起動が行われません。
この場合、更新を完了するには利用者が操作して再起動する必要があります。

自動更新とWindowsUpdate に関する マイクロソフトの解説 も参考にしてください。